大吉備津彦大神を主祭神とする山陽道屈指の大社です。本殿は入母屋の千鳥破風を前後に二つ並べ、同じ高さの棟で結んでひとつの大きな屋根にまとめた国内唯一の構造で、比翼入母屋造（ひよくいりもやづくり）と呼ばれています。吉備津神社でしか見られないこの特殊な造りは、夫婦が仲睦まじく寄り添っている様子を表しているともいわれています。また、吉備津彦命の妻である百田弓矢比売（ももたゆみやひめ）が共に祀られていることから、縁結びや夫婦円満にご利益があるといわれています。